Etapa medieval o shûsei

Los Taira fueron barridos del poder en 1185, de nuevo por un clan guerrero, el encabezado por Minamoto no Yoritomo, quien recibió el título de shôgun, general en jefe de los ejércitos del emperador, y estableció un gobierno militar en Kamakura, una pequeña ciudad al este de Japón. Las cuatro primeras centurias de dominación del guerrero cubren el período Kamakura (1185-1333) y el período Muromachi (1333-1568), y suelen ser descritas como la era feudal de Japón. El gobierno del shôgun asumió el control de la administración de justicia, la sucesión imperial, y la defensa del país contra los intentos de invasiones mongolas a finales del siglo XIII. Primero fue encabezado por Yoritomo y sus hijos, pero con posterioridad, dada la edad de los sucesores, fueron los regentes de la familia de los Hôjô quienes ejercieron el control sobre la nación. En 1333 una coalición encabezada por el emperador Go-Daigo, que pretendía restaurar la perdida autoridad, desbancó del poder a los Minamoto. Fue la familia de los Ashikaga, que había apoyado al emperador, quien consiguió de nuevo hacerse con el poder del shogunato. Ashikaga Yoshimitsu fue capaz de dominar a los poderosos clanes provinciales, que le ofrecieron su apoyo. Cuando su fuerza se debilitó, dichos clanes comenzaron a rivalizar entre ellos y con el shôgun, lo que dio lugar al inicio de las guerras Ônin (1467-1477). El país entró en un período de guerra endémica conocido como "período de los Estados en Guerra" (1467-1568), en el que los señores feudales, ignorando el poder del shôgun y del emperador, se enfrentaron unos con otros por la hegemonía local.